Antes de la conquista el Municipio de Esquipulas era reconocido con el nombre de Yzquipulas.
Según el libro del Cabildo, en su folio 162, Yzquipulas fue conquistada por primera vez en el año de 1525 por los capitanes españoles Juan Pérez Dardón, Sancho de Barahona y Bartolomé Becerra, quienes fueron enviados por don Pedro de Alvarado, pero habiéndose levantado los pobladores contra la autoridad del Rey en abril de 1530, aprovechando la situación política de la Capitanía General, según Fuentes y Guzmán, hubo necesidad de que el gobernador interino, don Francisco de Orduña, enviara a los capitanes Pedro de Amalín y Hernando de Chávez a reconquistar a Yzquipulas, ante quienes el cacique se rindió después de tres días de sangrientos combates, indicando que lo hacía: “más por la paz y tranquilidad pública, que por temor a las armas castellanas”. (Monografía de Esquipulas, Vitalino Fernández Marroquín).
Vale la pena resaltar como dato histórico, que de todo el departamento de Chiquimula y prácticamente de todo el corregimiento de Chiquimula de la Sierra, a excepción de los valles de Zacapa y Santa Catarina Mita, la población española en los valles de Esquipulas fue la más numerosa.
Con base al primer Libro de Bautizos de 1692 a 1716, se nota que la comunidad empezaba a gestarse con una población de 198 españoles, y ya entre los años 1810-1825, había 851 españoles en los valles de Esquipulas, notándose que a lo largo de un siglo ya había aumentado la población española por casi 5 veces.
En 1,813, la Comunidad Española alcanzaba el 30% de la población del municipio.
Lo que atrajo a muchos españoles fueron sus valles tan ricos y fértiles, y la hermosa imagen del Cristo Negro de Esquipulas.
En 1,726, hubo un informe que decía que en Esquipulas había una tierra templada con frutas y comercio. “Labran maíz, tienen trapiches de caña dulce con que hacen rapaduras, siembran maíz y frijol, y además hay crianza de ganado, caballar y mular”.
Los españoles, atraídos por la fertilidad de las tierras, se asentaron en haciendas fuera del pueblo, principalmente en los valles de Olopita, Atulapa, Jagua y Jupilingo (Rev. Ricardo Terga, La Mies es Abundante, España en La Chiquimula y Jutiapa Colonial).